Озадачаващи са данните за последните 30-40 минути от полета, разказаха още гръцките власти. Министърът на отбраната Панос Каменос разкри на пресконференция, че самолетът е направил необичайни движения, преди да изчезне от радарите. Той първо направил рязък завой на 90 градуса наляво, а след това 360-градусова маневра надясно. В същото време загубил над 7000 метра височина, като изчезнал на височина от около 4000 м, разказа Каменос. Не е ясна причината за странните маневри, но според анализатори липсата на отговор от кабината и необичайните движения може да говорят за нарушения на работата в кабината.

Въпреки множеството въпросителни и оскъдната информация, няколко часа по-късно официалните власти потвърдиха, че самолетът е загубен и вероятно е катастрофирал в морето. Започна мащабна издирвателна операция със самолети и кораби на египетската и гръцката армия, подпомагани от техника и на още няколко европейски страни, намираща се в района. В късния следобед бе съобщено и за първите намерени отломки.

Гръцки представители обявиха, че в морето на около 80 км южно от остров Крит са забелязани два големи пластмасови обекта. Капитан на египетски кораб, намиращ се в региона, разпространи снимки на намерени отломки, за които се предполага, че са спасителни жилетки и част от седалка на самолет. Телевизия „Ал Арабия“ пък съобщи, че в морето са намерени и поне две тела. Късно снощи египетските власти потвърдиха, че останките от самолета са намерени в Средиземно море, близо до остров Карпатос. Намерени са спасителни жилетки и други отломки, които категорично потвърждават, че са били част от изгубената машина.

Въпреки оскъдната информация с напредването на деня все по-вероятна ставаше версията за тероризъм. Докато в началото никой не смееше да предполага каква е причината за загубата на самолета, следобед и египетски, и руски официални представители посочиха външна злонамерена намеса като най-вероятна причина. „Ако анализираме ситуацията по подходящ начин, вероятността да е имало терористична атака е по-голяма, отколкото вероятна техническа повреда“, каза египетският министър на авиацията Шериф Фатхи. Шефът на руската Федерална служба за сигурност Александър Бортников също посочи, че „по всичко изглежда, че това е терористичен акт“. Той призова всички заинтересовани страни, включително тези от Европа, „да предприемат съвместни мерки за откриване на лицата, съпричастни с този чудовищен акт“.

Бивш пилот на „Иджипт Еър“ и приятел на капитана на полет 804 пък разкри, че преди дни е имало заплаха за самолета. Шериф Мехера, разказа, че преди дни на борда на самолета е намерен надпис със заплаха от терористична атака, пише Life.ru. „Това се случи преди няколко дни. Всяко въздухоплавателно средство има регистрационен номер. На днешния фатален полет регистрационния номер е SU-GCC. Някой написал с черни букви на арабски: „Следващото убийство ще бъде на регистрационен номер SU-GCC“, каза той.